Действие фильма разворачивается в 2029 году, когда кибернетические импланты и замена частей тела на роботизированные стали обыденностью для большинства людей. Майор Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го отдела службы безопасности, специализирующаяся на делах, связанных с высокими технологиями, берётся за расследование серии загадочных происшествий, связанных с хакером, называющим себя Кукловод.
